Det er formodentligt fordi dine filer ænders når du dowloader og uploader.
Hvis programmet er sat til at overfører i ASCII så laver den om på dine linieskift hvis du for eksempel uploader fra en windows computer til en unix computer.
Grunden til at den gør det er fordi windows, unix og mac bruger forskellige tegn til linieskift.
Altså når du trykker på ENTER i dit tekstprogram så laver den et tegn.
På unix er det \n
på windows er det \r\n
og max bruger \r
nå men du kan undgå dette ved at sætte overførslen til at være binær...
binær vil sige at filerne overføres lige som de er.
kig nederst i filezilla client og højre klik på ikonet dernede og vælg binær.
Prøv så og se om det ikke virker som du vil have det til.